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組織切片的特殊染色結(jié)果圖可以顯示組織中的特定物質(zhì)或結(jié)構(gòu)，通常使用拍照或目測的形式進行對比和判別，但是想要更直觀的分析比較或者讓結(jié)果在文章里更有說服力就需要對染色結(jié)果圖進行定量或半定量的取值分析。目前SCI高分文章常用的兩種對特殊染色結(jié)果圖進行定量分析的方法如下：

通過洗脫進行半定量分析方法的關(guān)鍵環(huán)節(jié)在于找到一種特異性洗脫陽性染料而不洗脫其他染料的洗脫劑，索萊寶的染色試劑盒可用于洗脫陽性染料后半定量分析的產(chǎn)品包括鈣鹽的茜素紅染色、酸性糖蛋白的阿利新藍染色、中性脂質(zhì)的油紅O染色和膠原蛋白天狼星紅染色等等。洗脫測定法對樣本大小，染色狀態(tài)和洗脫體積要求較高，通常只用于細胞樣本的結(jié)果進行定量分析。

茜素紅染色（G1452/G3280/G3281）：茜素紅常用來指示骨組織或者骨細胞中的鈣鹽，標記為紅色，洗脫時需要用到10%的十六烷基吡啶（C9890）溶液。以骨細胞為例，細胞應(yīng)按照適宜的濃度在96孔板中培養(yǎng)，按照正常程序染色骨細胞中的鈣鹽，染色之后用蒸餾水沖洗干凈，將蒸餾水甩干后加入洗脫液孵育足夠的時間使結(jié)合在細胞上的茜素紅充分洗脫，最后檢測洗脫溶液的吸光度值，茜素紅的檢測波長為562nm。

油紅O染色（G1260/G1261）：油紅O染色常用來指示各種組織中的脂肪堆積，與傳統(tǒng)的蘇丹染料相比，油紅O可以顯示組織中更微小的脂滴并將脂滴染色為紅色，油紅O洗脫常用的溶劑為100%異丙醇。培養(yǎng)的脂肪細胞或者是有脂肪沉積的組織按照說明書的步驟染色后，用60%異丙醇稍洗去除非陽性著色，用100%異丙醇洗掉陽性油紅O染料，在490nm處測定吸光度值對染色結(jié)果進行取值分析。

其他具有類似性質(zhì)的染色方法也可以通過查閱資料找到合適的洗脫溶劑、洗脫時間和檢測波長來進行取值分析，具體流程可參考茜素紅和油紅O染色。

圖像處理法要比吸光光度法對實驗要求更低，適用的范圍更廣（包括細胞結(jié)果和切片結(jié)果，常規(guī)染色、特殊染色、免疫組織化學染色和免疫熒光均可應(yīng)用），但是對成像的要求更高，要求取景定位和成像條件盡量一致。對于批量實驗結(jié)果的處理更便捷。

圖像處理軟件量化陽性區(qū)域面積或者光密度值的方法如下：

（1）在Image J或IPP軟件中打開需要量化的圖片

（2）染色結(jié)果選擇Image—Type—RGB Stack（操作完成之后下方滾動條可以選擇特定顏色）

（3）閾值調(diào)整，手動選擇出所需的色彩范圍

（4）讀取灰度值或?qū)⒒叶戎缔D(zhuǎn)換為光密度值

（5）選擇檢測內(nèi)容，一般應(yīng)選擇面積、灰度值（此時可轉(zhuǎn)換為光密度值）、陽性面積百分比和檢測選中區(qū)域等選項（其中光密度值/面積即為平均光密度值）

（6）數(shù)值檢出（可以選擇整張圖片檢出，也可以選擇圖片上特定區(qū)域檢出，檢出的數(shù)值導出到excel之后即可用于分析作圖）

為了獲得可靠的結(jié)果，各組之間應(yīng)該控制相同的染色時間，拍照視野盡量選取相近的區(qū)域，分析結(jié)果時也應(yīng)該設(shè)置相同的閾值，可以使用Image J的批處理功能快速計算結(jié)果。

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